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生物毒素又称天然毒素，是指动植物和微生物中存在的某种对其他生物物种有毒害作用的、非营养性天然物质成分，或因贮存方法不当，在一定条件下产生的某种有毒成分。
有毒生物物种遍及大部分生物门类，如细菌、真菌、植物、昆虫、爬行动物、两栖动物以及许多海洋生物。生物毒素是一种重要的生命现象，它蕴涵着大量奥妙复杂的重要生物学信息，是生物在自然界长期进化过程中为了保存自身的物种，抵抗高等动物或疾病的侵袭而产生的化学防御能力。由于生物毒素的多样性和复杂性，许多生物毒素还没有被发现或被认识，因此时至今日，生物毒素中毒的救治与公害防治仍然是世界性的难题。
高脂肪、高蛋白或高淀粉类的农产品及制品容易受生物毒素污染。例如花生易受黄曲霉毒素的污染，玉米易受玉米赤霉烯酮污染。在我国长江沿岸及长江以南等高温高湿地区生物毒素污染严重。这些生物毒素通过受污染的农作物以饲料喂养方式进入动物体内，进而污染动物源食品（肉、蛋、奶、奶酪），人类通过直接食用农产品或者动物源食品而接触到生物毒素。夏秋季节的海洋双壳贝类中贝类毒素，是与海洋赤潮及有毒微藻有关，在赤潮高发期应禁止食用双壳贝类，防止贝类毒素的中毒。
生物毒素是广泛存在于自然环境与农产品中的一类次生代谢产物，不同生物毒素间毒性和致癌性差异显著，对于毒性大、致癌性强的生物毒素，世界上绝大多数国家都以保护人民身体健康为原则，对不同农产品制定严格的生物毒素限量标准。食用符合限量标准的农产品对人体造成的危害极小，甚至可以忽略不计。长期频繁食用或一次大量食用生物毒素超标的农产品才会造成人畜急（慢）性中毒或致癌。不食用霉变、腐败变质的农产品，注重饮食习惯和卫生习惯，能有效减小生物毒素中毒与致癌概率。因此，对生物毒素不必“谈虎色变”，要理性看待农产品中生物毒素问题。
小贴士：夏秋季节的海洋双壳贝类中贝类毒素，是与海洋赤潮及有毒微藻有关，在赤潮高发期应禁止食用双壳贝类，防止贝类毒素的中毒。
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